Apesar de tantos pontos positivos, Santa Gertrudes leva o título de cidade mais poluída do Estado de São Paulo. O problema é causado por centenas de caminhões que transportam argila para as indústrias 24 horas por dia, utilizando estradas de terra. A poeira sobe e a vida de motoristas e moradores das proximidades vira um inferno.
As estradas são municipais e a Prefeitura não tem recursos para asfaltá-las e acabar com o problema. Meses atrás, o Governo do Estado acenou com a possibilidade de pavimentar um trecho de seis quilômetros. É melhor do que nada, mas na cidade soou como uma gota d'água num oceano de poeira.